Цитата: 1. Заказчик зарегистрирован на Украине.
Следовательно, для Вас он иностранный заказчик.
Поскольку речь о перевозках по России, то страна нахождения заказчика значения не имеет. Оформляете и облагаете налогом, как для российского заказчика.
Цитата: 2. Банк заказчика Российский, осуществляет платежи в России в рублях
Это ничего не меняет. Всё, как обычно.
Правда, если счет плательщика имеет признаки счета "нерезидента", то даже при платежах в рублях возможно, придется составлять паспорт сделки. Советую этот вопрос согласовать с отделом валютного контроля банка, куда придут деньги на Ваш счет.
Штрафы по валютному контроля весьма серьезные, поэтому лучше перестраховаться.
Цитата: могу ли я сделать вывод, что для нас ничего не меняется - все по стандартной схеме.
Да, в остальном всё по стандартной схеме. Как для российского заказчика
Успехов!